Dört sany nuklein kislotasynyň güýçlendirilmegi Efiopiýada SARS-CoV-2 kesgitlemek üçin barlaglar

Nature.com-a gireniňiz üçin sag boluň. Çäkli CSS goldawy bilen brauzer wersiýasyny ulanýarsyňyz. Iň oňat tejribe üçin täzelenen brauzeri ulanmagy maslahat berýäris (ýa-da Internet Explorer-de Gabat geliş tertibini öçüriň). Mundan başga-da, dowamly goldawy üpjün etmek üçin sahypany stil we JavaScript-de görkezýäris.
Birbada üç slaýdyň karuselini görkezýär. Bir gezekde üç slaýddan geçmek üçin Öňki we Indiki düwmelerini ulanyň ýa-da bir gezekde üç slaýddan geçmek üçin slaýder düwmelerini ulanyň.
2019-njy ýylda koronawirus keseli (COVID-19) ýüze çykaly bäri, köp sanly täjirçilik nuklein kislotasyny güýçlendirmek synaglary (NAAT) dünýäde işlenip düzüldi we adaty barlaglara öwrüldi. Birnäçe synag çalt işlenip, laboratoriýa anyklaýyş synaglaryna ulanylsa-da, bu synaglaryň netijesi dürli şertlerde baha berilmedi. Şonuň üçin bu gözleg Abbott SARS-CoV-2, Daan Gen, BGI we Sansure Biotech kompozisiýa salgylanma standartyny (CRS) ulanyp, öndürijiligine baha bermegi maksat edinýär. Gözleg Efiopiýanyň Jemgyýetçilik Saglyk Institutynda (EPHI) 2020-nji ýylyň 1-nji dekabryndan 30-njy dekabry aralygynda geçirildi. 164 nusgadan 59,1% oňyn, 40,9% CRS üçin negatiw boldy. Sansure Biotech-iň oňynlygy CRS bilen deňeşdirilende ep-esli pesdi (p <0.05). Sansure Biotech-iň oňynlygy CRS bilen deňeşdirilende ep-esli pesdi (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p <0,05). Sansure Biotech-iň oňyn netijeleri CRS bilen deňeşdirilende ep-esli pesdi (p <0.05).与 CRS 相比， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0.05 ）。与 CRS 相比， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0.05 ）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). Sansure Biotech, CRS bilen deňeşdirilende ep-esli az oňyn netijelere eýe boldy (p <0.05).Dört derňewiň umumy ylalaşygy CRS bilen deňeşdirilende 96,3–100% boldy. Sansure Biotech analiziniň pes pozitiwliginden başga-da, dört analiziň ýerine ýetirilişi deňeşdirip bolýardy. Şonuň üçin Sansure Biotech [Diňe gözleg (RUO)] barlagy Efiopiýada ulanmak üçin goşmaça tassyklamany talap edýär. Netijede, öndürijiniň talaplary bilen baha berişlere baha bermek üçin goşmaça gözlegler göz öňünde tutulmalydyr.
Laboratoriýa synaglary Bütindünýä saglygy goraýyş guramasynyň (BSGG) Koronawirus keseli 2019 (COVID-19) taýynlyk we jogap (SPRP) strategiki meýilnamasynyň bir bölegidir. Bütindünýä saglygy goraýyş guramasy, ýurtlara taýynlygy, kazyýet işlerini dogry dolandyrmagy, hüşgärligi we ilatyň saglygy bilen baglanyşykly kynçylyklara çalt jogap bermek üçin laboratoriýa mümkinçiliklerini ösdürmelidigini maslahat berýär. Bu, döreýän ýokanç serişdeleriň keselini we epidemiologiýasyny häsiýetlendirmekde we olaryň ýaýramagyna gözegçilik etmekde laboratoriýanyň rolunyň möhümdigini görkezýär.
COVID-19 diagnozy epidemiologiki we lukmançylyk maglumatlary, şahsy alamatlar / alamatlar, radiografiki we laboratoriýa maglumatlary talap edýär2. COVID-19 wirusynyň Hytaýyň Wuhan şäherinde habar berlişinden bäri dünýäde köp sanly täjirçilik nuklein kislotasyny güýçlendirmek synaglary (NAAT) işlenip düzüldi. Hakyky ters transkripsiýa polimeraza zynjyryň reaksiýasy (rRT-PCR) agyr ýiti dem alyş sindromy 2 (SARS-CoV-2) 3 ýokançlygyny laboratoriýa anyklamak üçin adaty we adaty usul hökmünde ulanyldy. SARS-CoV-2-iň molekulýar tapylmagy, adatça ORF1a / b-de N (nukleokapsid belok geni), E (konwert belok geni) we RdRp (RNK bagly RNK polimeraza geni) genlerine esaslanýar (açyk okamak çarçuwasy 1a / b) . gen) wirus geninden kesgitlenen sebit. Wirus tanamak üçin wirus genomlarynda tapylan esasy goralýan sebitler hasaplanýar4. Bu genleriň arasynda RdRp we E genleri ýokary analitiki kesgitleme duýgurlygyna, N geniniň pes analitiki duýgurlygyna eýe5.
PCR barlaglarynyň öndürijiligi dürli faktorlara baglylykda üýtgäp biler: çykarmak reagentleri, güýçlendirmek / kesgitlemek reagentleri, çykarmak usuly, PCR maşynynyň hili we beýleki gurallar. 2020-nji ýylyň aprel aýyna çenli dokuz ýurtdan 48-den gowrak dürli anyklaýyş enjamy COVID-196 anyklaýyş üçin gyssagly ulanyş ygtyýarnamasyny (EUA) aldy. Efiopiýada ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 we Quant-studio7 ýaly 26 jemgyýetçilik saglygy goraýyş edarasynda SARS-CoV-2-ni PCR kesgitlemek üçin 14-den gowrak hakyky PCR platformasy ulanylýar. Mundan başga-da, Daan Gen synagy, Abbott SARS-CoV-2 synagy, Sansure Biotech synagy we SARS-CoV-2 BGI synagy ýaly dürli PCR synag toplumlary bar. RRT-PCR ýokary duýgur bolsa-da, COVID-19 hassalarynyň käbiri nädogry ýygnamak, daşamak, saklamak we işlemek we laboratoriýa synaglary sebäpli wirus ribonuklein kislotasynyň (RNK) nusgalarynyň ýeterlik däldigi sebäpli ýalan negatiw netijeleri habar berýär. işgärleriň şertleri we hereketleri8. Mundan başga-da, nusga alma ýa-da gözegçilikde saklamak, sikl çäkleri (Ct) sazlamak we beýleki patogen nuklein kislotalary ýa-da hereketsiz / galyndy SARS-CoV-2 RNA bilen kesişme reaktiwligi rRT-PCR9 barlaglarynda ýalňyş oňyn netijelere sebäp bolup biler. Şeýlelik bilen, PCR synaglarynyň hakykatdanam gen bölekleriniň göterijilerini kesgitläp biljekdigi düşnüklidir, sebäbi hatda hakyky işjeň wirus genlerini hem tapawutlandyryp bilmeýär, şonuň üçin synaglar hassalary däl-de, diňe göterijileri kesgitläp bilýär10. Şonuň üçin, sazlamamyzda standart usullary ulanyp, anyklaýyş işine baha bermek möhümdir. Efiopiýanyň jemgyýetçilik saglyk institutynda (EPHI) we tutuş ýurtda NAAT reagentleriniň köpdügine garamazdan, olaryň netijeliligine deňeşdirme baha berilmedi. Şonuň üçin bu gözleg, kliniki nusgalary ulanyp, rRT-PCR tarapyndan SARS-CoV-2-ni ýüze çykarmak üçin täjirçilik taýdan elýeterli toplumlaryň deňeşdirilen işine baha bermegi maksat edinýär.
Bu gözlegde COVID-19 diýlip güman edilýän jemi 164 gatnaşyjy goşuldy. Nusgalaryň köpüsi bejeriş merkezlerinden (118/164 = 72%), galan 46 (28%) gatnaşyjy bejeriş merkezlerinden däldi. Merkezde bejerilmedik gatnaşyjylaryň arasynda 15 (9.1%) kliniki taýdan şübheli we 31 (18,9%) tassyklanan hadysalaryň kontaktlary bar. Gatnaşanlaryň togsan üç (56,7%) erkek, gatnaşyjylaryň ortaça (± SD) ýaşy 31,10 (± 11.82) ýaş boldy.
Bu gözlegde, COVID-19 üçin dört synagyň oňyn we otrisatel derejeleri kesgitlenildi. Şeýlelik bilen, Abbott SARS-CoV-2 analiziniň, Daan Gen 2019-nCoV analiziniň, SARS-CoV-2 BGI analiziniň we Sansure Biotech 2019-nCoV barlagynyň oňyn derejeleri degişlilikde 59.1%, 58.5%, 57.9% we 55.5% boldy. . Oňyn we otrisatel birleşdirilen salgylanma standarty (CRS) ballary degişlilikde 97 (59.1%) we 67 (40,9%) boldy (1-nji tablisa). Bu gözlegde, CRS kesgitlemesi “islendik oňyn” düzgüne esaslandy, şonuň bilen dört synag netijesinden, şol bir netijäni beren iki ýa-da has köp synag netijesi hakyky polo positiveitel ýa-da otrisatel hasaplandy.
Bu gözlegde, CRS bilen deňeşdirilende ähli derňewler üçin 100% (95% CI 94.6–100) negatiw göterim şertnamasyny (NPA) tapdyk. Sansure biotehnologiýa derňewi iň pes PPA 93,8% (95% CI 87.2-97.1) görkezdi we Daan Gene 2019-nCoV derňewinde umumy ylalaşyk 99,4% (95% CI 96.6-99.9) boldy. Munuň tersine, SARS-CoV-2 BGI barlagy bilen Sansure Biotech 2019-nCoV barlagynyň arasyndaky umumy şertnama degişlilikde 98,8% we 96,3% boldy (2-nji tablisa).
Koheniň CRS we Abbott SARS-CoV-2 barlag netijeleriniň arasyndaky ylalaşyk koeffisiýenti doly yzygiderli boldy (K = 1.00). Şonuň ýaly-da, Koeniň Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI we Sansure Biotech 2019-nCoV tarapyndan ýüze çykarylan kappa bahalary hem CRS (K ≥ 0.925) bilen doly gabat gelýär. Bu deňeşdirme derňewinde, kw-kwadrat synagy (MakNemar synagy) Sansure Biotech 2019-nCoV barlag netijeleriniň CRS netijelerinden ep-esli tapawutlydygyny görkezdi (p = 0.031) (2-nji tablisa).
Suratda görkezilişi ýaly.Abbott SARS-CoV-2 analiziniň iň pes Ct bahasynyň (<20 Ct) göterimi (birleşdirilen RdRp we N gen) 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV barlagynyň ORF1a / b geni Ct bahasy pes göterimiň göterimini görkezdi Ct bahasy (<20 Ct) 50,3%, ýokary Ct bahasy (36-40 Ct) 3,2% boldy. Abbott SARS-CoV-2 analiziniň iň pes Ct bahasynyň (<20 Ct) göterimi (birleşdirilen RdRp we N gen) 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV barlagynyň ORF1a / b geni Ct bahasy pes göterimiň göterimini görkezdi Ct bahasy (<20 Ct) 50,3%, ýokary Ct bahasy (36-40 Ct) 3,2% boldy.Suratda görkezilişi ýaly.1. (<20 Ct) соверлял 50,3%, а высокое значение Ct (36-40 Ct) соверляло 3,2%. 1, Abbott SARS-CoV-2 (RdRp we N birleşdirilen gen) analiziniň iň pes Ct bahasy (<20 Ct) göterimi 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV gen analiziniň ORF1a / b gen analiziniň Ct bahasy görkezdi pes Ct bahasynyň (<20 Ct) göteriminiň 50,3%, ýokary bahasy Ct (36-40 Ct) 3,2% boldy.如图 1 所示， Abbott SARS-CoV-2 检测（结合 RdRp 和 N 基因）的最低 Ct 值百分比（ <20 Ct ）为 87,6% ， Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的 ORF1a / b 基因 Ct 值显示低 Ct值 (<20 Ct) 的百分比为 50.3% ，高 Ct 值 (36–40 Ct) 的百分比为 3,2%。 1-nji suratda görkezilişi ýaly, Abbott SARS-CoV-2 synagynyň iň pes Ct bahasy (<20 Ct) (RdRp we N geniň kombinasiýasy) 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV synagynyň ORF1a / b gen Ct bahasy pes Ct shows (<20 Ct) 的 göterimi 50.3%, 高 Ct 值 (36-40 Ct) 的 göterimi 3,2%. 1, 1 - Анизя nCoV показал низкий Ct. 1-nji suratda görkezilişi ýaly Abbott SARS-CoV-2 barlagy (RdRp we N genlerini birleşdirip) iň pes göterim Ct bahasy (<20 Ct) 87,6%, Sansure-de ORF1a / b geniniň Ct bahasy. Biotech 2019 okuwy - NCoV-iň derňewi pes Ct görkezdi. Процент значений (<20 Ct) соверил 50,3%, а всоких значений Ct (36-40 Ct) соверил 3,2%. Gymmatlyklaryň göterimi (<20 Ct) 50,3%, ýokary Ct bahalarynyň göterimi (36-40 Ct) 3,2% boldy.Abbott SARS-CoV-2 B synagynda Ct bahalary 30-dan ýokary boldy. Beýleki tarapdan, BGI SARS-CoV-2 analizinde ORF1a / b geniniň ýokary Ct bahasy bardy (> 36 Ct) göterimi 4% boldy (1-nji surat). Beýleki tarapdan, BGI SARS-CoV-2 analizinde ORF1a / b geniniň ýokary Ct bahasy bardy (> 36 Ct) göterimi 4% boldy (1-nji surat). С. Beýleki tarapdan, BGI SARS-CoV-2 gen ORF1a / b geniniň seljermesinde ýokary Ct bahasy (> 36 Ct) bolup, göterimi 4% boldy (1-nji surat).另一方面，在 BGI SARS-CoV-2 检测中， ORF1a / b 基因具有高 Ct 值（> 36 Ct ）的百分比为 4% （图 1 ）。 Beýleki tarapdan, BGI SARS-CoV-2 ýüze çykarylanda, ýokary Ct bahasy (> 36 Ct) bolan ORF1a / b geniniň göterimi 4% (1-nji surat). С. Beýleki tarapdan, BGI SARS-CoV-2 derňewinde, ýokary Ct bahasy (> 36 Ct) bolan ORF1a / b genleriň göterimi 4% boldy (1-nji surat).
Bu gözlegde 164 sany nazofargeal nusga aldyk. Gözlegleriň ähli görnüşleri üçin, degişli öndürijiler tarapyndan maslahat berilýän usullary we toplumlary ulanyp, RNK izolýasiýasy we güýçlendirmek amala aşyryldy.
Bu gözleg, Abbottyň SARS-CoV-2 üçin synagynyň 100% polo positiveitel, otrisatel we umumy ylalaşyk bilen CRS bilen kesgitleýiş ýerine ýetirijiligini görkezdi. Koheniň kappa şertnamasy CRS bilen doly ylalaşygy görkezýän 1.00. ABŞ-nyň Waşington uniwersiteti tarapyndan geçirilen şuňa meňzeş gözleg, SARS-CoV-2 üçin Abbott synagynyň umumy duýgurlygynyň we aýratynlygynyň CDC-iň laboratoriýa kesgitlenen barlagy (LDA) bilen deňeşdirilende degişlilikde 93% we 100% bolandygyny ýüze çykardy. . 11. Abbott SARS-CoV-2 kesgitlemek ulgamy, N we RdRp genleriniň bir wagtda birleşdirilmegine esaslanýar, sebäbi iki gen has duýgur, ýalan negatiwleri azaldýar12. Awstriýanyň Wena şäherinde geçirilen gözleg, şeýle hem uly gazyp almagyň nusgalarynyň mukdaryny we kesgitleýiş göwrümleriniň eritme effektlerini azaldýandygyny we kesgitlemegiň netijeliligini ýokarlandyrandygyny görkezdi13. Şeýlelik bilen, Abbottyň SARS-CoV-2 derňewi üçin iň oňat gabat gelmegi, şol bir wagtyň özünde kombinator genlerini kesgitleýän, köp sanly nusgalary (0,5 ml) çykarýan we köp mukdarda eluent (40 µl) ulanýan platforma kesgitlemek ulgamy bilen baglanyşykly bolup biler.
Netijelerimiz, Daan genetiki synagynyň ýüze çykarylyşynyň CRS bilen deňeşdirilendigini görkezdi. Bu, Hytaýyň Huainan şäherindäki Anhui uniwersitetinde geçirilen 14 barlag we öndürijiniň 100% oňyn şertnama talap etmegi bilen gabat gelýär. Yzygiderli netijeleriň bardygyna garamazdan, bir nusga şol bir eluaty gaýtadan belläninden soň ýalňyş negatiwdi, ýöne Abbott SARS-CoV-2 we Sansure Biotech nCoV-2019 barlaglarynda oňyn boldy. Bu, dürli pikirleriň dürli görnüşlerinde netijeleriň üýtgemeginiň mümkindigini görkezýär. Şeýle-de bolsa, Hytaýda geçirilen gözlegde, Daan Gen barlagynyň netijesi, laboratoriýada kesgitlenen gözleg barlagy bilen deňeşdirilende ep-esli tapawutlandy (p <0.05). Şeýle-de bolsa, Hytaýda geçirilen gözlegde, Daan Gen barlagynyň netijesi, laboratoriýada kesgitlenen gözleg barlagy bilen deňeşdirilende ep-esli tapawutlandy (p <0.05). Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат мата Daan Gen значительно отличался (p <0,05) от лабораторного э эононного мата. Şeýle-de bolsa, Hytaýda geçirilen 15 gözlegde, Daan Geniň seljeriş netijesi, laboratoriýa gözleglerinden ep-esli tapawutlandy (p <0.05).然而，在中国进行的研究中 15 ，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0.05 ）。然而，在中国进行的研究中 15 ，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результатя чететического теста Даан значительно отличались (p <0,05) по сравнению с его э эжононным лабораторним чомом. Şeýle-de bolsa, Hytaýda geçirilen 15 gözlegde, Daanyň genetiki synagynyň netijeleri, gözleg laboratoriýa synagy bilen deňeşdirilende ep-esli tapawutlandy (p <0.05).Bu gapma-garşylyk, SARS-CoV-2-ni ýüze çykarmak üçin gözleg synagynyň duýgurlygy sebäpli bolup biler we sebäbini kesgitlemek üçin goşmaça barlaglar möhüm bolup biler.
Mundan başga-da, gözlegimiz ajaýyp oňyn göterim şertnamasyny (PPA = 97,9%), otrisatel göterim şertnamasyny (NPA = 100%) we jyns boýunça umumy göterim şertnamasyny görkezip, SARS-CoV-2 BGI analiziniň CRS bilen deňeşdiriş işine baha berdi. OPA). ). = 98,8%). Koheniň Kappa bahalary gowy ylalaşygy görkezdi (K = 0.975). Gollandiýada16 we Hytaý15-de geçirilen gözlegler yzygiderli netijeleri görkezdi. SARS-CoV-2 BGI synagy, 10 µl güýçlendirmek / kesgitlemek elýutasyny ulanyp, bir gen (ORF1a / b) kesgitlemek synagydyr. Gözleg netijelerimiz bilen gowy statistiki ylalaşyga garamazdan, seljerme umumy nusganyň iki sany oňyn nusgasyny (1,22%) sypdyrdy. Bu hassanyň we jemgyýetiň derejesinde geçiş dinamikasyna ullakan kliniki täsir edip biler.
Bu gözlegiň içine girizilen başga bir deňeşdirme derňewi Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) barlagy; umumy oýun göterimi 96,3% boldy. Ylalaşygyň güýji, CRS bilen doly ylalaşygy görkezýän Koheniň Kappa bahasy 0.925 boldy. Againene-de netijelerimiz, Hytaýyň Çaňşadaky Merkezi Günorta Uniwersitetinde we Hytaýyň Liuzhou şäheri, Liuzhou Halk Keselhanasynyň Kliniki Laboratoriýa bölüminde geçirilen gözlegler bilen deňdir. Aboveokardaky gowy statistiki ylalaşyk hasaba alnandygyna garamazdan, kw-kwadrat synagy (MacNemar synagy) Sansure Biotech barlagynyň netijesiniň CRS bilen deňeşdirilende statistik taýdan möhüm tapawudynyň bardygyny görkezdi (p <0.005). Aboveokardaky gowy statistiki ylalaşyk hasaba alnandygyna garamazdan, kw-kwadrat synagy (MacNemar synagy) Sansure Biotech barlagynyň netijesiniň CRS bilen deňeşdirilende statistik taýdan möhüm tapawudynyň bardygyny görkezdi (p <0.005). Несмотря на то, что было зафик киноовано укаазное вше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-ча (критерий Макнемара) показал, что резульматмата Сансуре биотехник имеет стичические <0,005). Aboveokardaky gowy statistiki şertnama hasaba alnandygyna garamazdan, kw-kwadrat synagy (MakNemar synagy) Sansure Biotech barlagynyň netijesiniň CRS bilen deňeşdirilende statistik taýdan möhüm tapawudynyň bardygyny görkezdi (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（ MacNemar 检验）表明， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异（ p <0,005 ）。上述 记录记录 上述, 良好, 检验, 一致性, şarpurasiýa biootehnok biotehnologiýa (P <0,005 .............. 。。。）））） Несмотря на отмеченное вше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-ка (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p <0,005) Между Сатуре Биотех и CRS. Aboveokarda bellenip geçilen gowy statistiki ylalaşyga garamazdan, kw-kwadrat synagy (MakNemar synagy) Sansure Biotech barlagy bilen CRS arasynda statistik taýdan möhüm tapawudy görkezdi (p <0,005).Alty nusganyň (3.66%) CRS bilen deňeşdirilende ýalan negatiwdigi anyklandy (Goşmaça tablisa 1); esasanam wirus ýokaşmagyň dinamikasyny göz öňünde tutup, bu örän möhümdir. Aboveokardaky maglumatlar bu pes kesgitleme derejesini hem goldaýar15.
Bu gözlegde, Abbott SARS-CoV-2 analizinde iň pes ortaça Ct bahasy bilen her bir analiz we degişli platforma üçin Ct bahalary kesgitlenildi. Bu netije Abbottyň SARS-CoV-2-ni ýüze çykarmak üçin bir wagtyň özünde birleşdirilen genetiki synag ulgamy bilen baglanyşykly bolup biler. Şol sebäpden, 1-nji surata görä, Abbott SARS-CoV-2 netijeleriniň 87,6% -inde Ct bahalary 20-den pesdi. 20-30 aralygynda diňe az sanly nusga netijeleri (12,4%) bardy. 30-dan ýokary Ct bahalary ýazylmady. Abbottyň SARS-CoV-2 paneliniň genetiki synag formatyny ulanmagyna goşmaça, bu netije kompaniýanyň 100 RNA nusgasynyň aşaky çäginden üç esse pes bolan aşaky kesgitleme çägi (32.5 RNA nusgasy / mL) 18 bilen baglanyşykly bolup biler. / ml. ml) 19.
Bu gözlegiň käbir çäklendirmeleri bar: birinjiden, serişde ýetmezçiligi sebäpli standart / salgylanma usullarymyz ýok (wirus ýükleri ýa-da beýleki laboratoriýa synaglary). Ikinjiden, bu gözlegde ulanylan ähli nusgalar nazofargeal çişlerdi, netijeler beýleki nusga görnüşlerine degişli däldi, üçünjiden, nusga ölçegimiz azdy.
Bu gözleg, nazofargeal nusgalaryny ulanyp, SARS-CoV-2 üçin dört rRT-PCR barlagynyň öndürijiligini deňeşdirdi. Sansure Biotech analizinden başga ähli gözleg barlaglary deňeşdirip boljak öndürijilige eýe boldy. Mundan başga-da, Sansure Biotech analizinde CRS bilen deňeşdirilende pes pozitiwlik derejesi kesgitlenildi (p <0.05). Mundan başga-da, Sansure Biotech analizinde CRS bilen deňeşdirilende pes pozitiwlik derejesi kesgitlenildi (p <0.05). Кроме того, в Тесе Sansure Biotech был вызвлен низкий пол положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). Mundan başga-da, Sansure Biotech synagy CRS bilen deňeşdirilende oňyn netijeleriň pes göterimini görkezdi (p <0.05).此外，与 CRS 相比， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外，与 CRS 相比， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 Кроме того, мат Sansure Biotech Imel boleе низкий оровень положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). Mundan başga-da, Sansure Biotech barlagy CRS bilen deňeşdirilende pes pozitiwlige eýe boldy (p <0.05).PPA, NPA we umumy şertnamanyň Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) derňewi, umumy bahasy 0.925 bolan Kohen Kappa güýji 93,5% -den geçdi. Netijede, Sansure Biotech Assay (RUO) Efiopiýada ulanmak üçin has tassyklanylmaly we aýry-aýry öndürijileriň talaplaryna baha bermek üçin goşmaça gözlegler göz öňünde tutulmalydyr.
Deňeşdirme gözleg dizaýny Addis Abebadaky dört saglyk öýünde, Eka Kotebe keselhanasynda, Müňýyllyk buthanany bejeriş merkezinde, Zewooditu ýadygärlik hassahanasynda we Sankt-Peterburgyň inçekesel hünärmen hassahanasynda geçirildi. Maglumatlar 2020-nji ýylyň 1-nji dekabryndan 31-nji dekabry aralygynda ýygnaldy. Bu gözleg üçin lukmançylyk edaralary köp sanly we şäherde esasy bejeriş merkezleriniň bardygyna esaslanyp saýlandy. Şonuň ýaly-da, ABI 7500 we Abbott m2000 real wagt PCR gurallary ýaly gurallar, NAAT reagent öndürijileriniň tekliplerine laýyklykda saýlandy we bu gözleg üçin dört sany PCR kesgitleýiş enjamy saýlandy, sebäbi Efiopiýadaky barlaghanalaryň köpüsi azyndan ulanylýardy dördüsi. Gen synagy, Abbott SARS-CoV-2 synagy, Sansure Biotech synagy we gözleg wagtynda geçirilen SARS-CoV-2 BGI synagy).
SARS-CoV-2 üçin synag, 2020-nji ýylyň 1-nji dekabryndan 30-njy dekabry aralygynda EPHI-e gönükdirilen COVID-19 üçin gözlenýän adamlardan 3 ml Wirus Transport Orta (VTM) (Miraclean Technology, Şençzhenen, Hytaý) ulanylyp geçirildi. Nasofargeal nusgalary taýýarlanan nusga ýygnaýjylar tarapyndan ýygnalyp, üç paketde EPHI-e iberildi. Nuklein kislotasyny izolýasiýa etmezden ozal her nusga özboluşly şahsyýet belgisi berilýär. Gazyp almak her nusgadan el bilen we awtomatiki usulda çykarmak usullaryny ulanyp ýerine ýetirilýär. Şeýlelik bilen, Abbott m2000-i awtomatiki çykarmak üçin her nusgadan 1,3 ml (ölen mukdary we 0,5 ml çykaryş mukdaryny goşmak bilen) her nusgadan alyndy we Abbott DNK nusga taýýarlaýyş ulgamyndan (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ABŞ). ) SARS-CoV-2 (EUA) iki tapgyryň umumy prosesine (gözleg we ýüze çykaryş) 96 [92 nusga, iki sany anyklaýyş gözegçiligi we iki sany şablon däl dolandyryş (NTC)] goşuldy. magdan gazyp almak. Edil şonuň ýaly, el bilen çykarmak üçin şol bir nusgalary ulanyň (awtomatiki çykarmak we tapmak üçin). Şeýlelik bilen, dokuz tapgyrda 24 toparda (20 nusga, iki barlag gözegçiligi we iki NTC goşmak bilen) QIAamp Wirus RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germaniýa) ulanylyp, 140 µl nusga alyndy we alyndy. El bilen çykarylan elýutlar güýçlendirildi we SARS-CoV-2 BGI analizi, Daan Gen analizi we Sansure Biotech barlagy arkaly ABI 7500 termiki tigirçiniň kömegi bilen güýçlendirildi we tapyldy.
SARS-CoV-2 wirusly RNK-ny awtomatiki izolýasiýa etmek we arassalamak Abbott DNK nusga reagentlerini ulanyp, magnit monjuk ýörelgesine eýerýär. Nusgalary hereketsizleşdirmek we wirus bölejikleriniň erginleşmegi, belogy denatirlemek we RNase hereketsizleşdirmek üçin guanidin izotiosýanaty öz içine alýan ýuwujy serişde arkaly amala aşyrylýar. Soňra RNK belokdan kremnini ulanyp gaty faza bölünişi bilen bölünýär, ýagny guanidinium duzy we liz buferiniň gidroksidi pH nuklein kislotalarynyň kremniniň (SiO2) baglanyşygyny öňe sürýär. .Uwmak ädimi anyk çözgüt çykarmak üçin galan beloklary we galyndylary aýyrýar. Aç-açan RNK, guralyň magnit meýdanyny ulanyp, silisiýa esasly mikropartikullardan izolirlenýär20,21. Beýleki tarapdan, RNK-ny el bilen izolirlemek we arassalamak, magnit stendiň ýerine merkezden gaçyryş we mikropartikullary eluentden bölmek arkaly aýlaw sütün usuly bilen amala aşyrylýar.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 kesgitlemek synagy (Abbott Molecular, Inc.) BSG we FDA-dan EUA19,22 alan öndürijiniň görkezmesine laýyklykda geçirildi. Bu teswirnamada, gazuwdan ozal 56 ° C temperaturaly suw wannasynda 30 minutlap hereketsizleşdirildi. Wirus hereketsiz bolandan soň, Abbott m2000 DNK nusga taýýarlaýyş ulgamyny ulanyp, Abbott m2000 SP guralynda 0,5 ml VTM-den nuklein kislotasy çykaryldy. öndürijiniň pikiriçe. Güýçlendirmek we kesgitlemek Abbott m2000 RT-PCR guralynyň kömegi bilen ýerine ýetirildi we RdRp we N genleri üçin goşa kesgitleme geçirildi. ROX) we VIC P (eýeçilik boýagy) güýçlendirmek önümleriniň ikisini bir wagtda tapmaga mümkinçilik berýän içerki gözegçilikleri nyşana almak we kesgitlemek üçin 19.
Bu toplumyň güýçlendirme kesgitleme usuly bir basgançakly RT-PCR tehnologiýasyna esaslanýar. ORF1a / b we N genleri, sebitiň güýçlendirilmegini kesgitlemek üçin Daan Gen Technology tarapyndan goralýan sebitler hökmünde saýlandy. Specörite desgalar we floresan zondlar (FAM bilen bellik edilen N gen zondlary, VIC bilen bellik edilen ORF1a / b zondlar) nusgalarda SARS-CoV-2 RNK-ny anyklamak üçin döredildi. Iň soňky eluent we ussat garyndylar, esasy garyndynyň 20 µl-a 5 µl eluent goşmak bilen iň soňky göwrümine 25 µl goşmak bilen taýýarlandy. Güýçlendirmek we kesgitlemek ABI 750024 real wagt PCR guralynda ýerine ýetirildi.
ORF1a / b we N genleri Sansure Biotech nCoV-2019 ýadro kislotasynyň anyklaýyş toplumy (floresan PCR kesgitlemesi) arkaly tapyldy. ORF1a / b sebiti üçin FAM kanalyny we N geni üçin ROX kanalyny saýlap, her bir maksatly gen üçin ýörite synaglary taýýarlaň. Bu gözleg toplumyna eluent we master garyndy reagentleri aşakdaky ýaly goşulýar: ýüze çykarmak / güýçlendirmek üçin 30 µl master mix reagentini we 20 µl uzaldylan nusgasyny taýýarlaň. Güýçlendirmek / kesgitlemek üçin real wagt PCR ABI 750025 ulanyldy.
SARS-CoV-2 BGI synagy, COVID-19 diagnozy üçin floresan real wagt rRT-PCR toplumy. Maksatly sebit, SARS-CoV-2 geniniň ORF1a / b sebitinde ýerleşýär, bu geni kesgitlemegiň ýeke-täk usulydyr. Mundan başga-da, adamda işleýän gen β-aktin içerki düzgünleşdirilen maksat genidir. Ussat garyndy, 20 mixl garyndy garyndy reagentini we 10 µl çykarylan RNK nusgasyny guýy tabakda garyşdyrmak arkaly taýýarlanýar26. Güýçlendirmek we kesgitlemek üçin ABI 7500 floresan mukdar real wagt PCR guraly ulanyldy. Nuchli nuklein kislotasyny güýçlendirmek, her bir barlag üçin PCR işleýiş şertleri we netijeleri düşündirmek degişli öndürijiniň görkezmesine laýyklykda geçirildi (3-nji tablisa).
Bu deňeşdirme derňewinde, dört analiz üçin göterim şertnamasyny (oňyn, otrisatel we umumy) we beýleki deňeşdirme parametrlerini kesgitlemek üçin salgylanma standart usulyny ulanmadyk. Her synag deňeşdirmesi CRS bilen geçirildi, bu işde CRS “islendik oňyn” düzgüni bilen kesgitlenildi we netije ýekeje synag bilen däl-de, kesgitlenildi, azyndan iki sany synag netijesini ulandyk. Mundan başga-da, COVID-19 geçirişinde ýalan negatiw netijeler ýalan polo positiveitel netijelerden has howpludyr. Şonuň üçin CRS netijesinden mümkin boldugyça “polo positiveitel” diýmek üçin azyndan iki synag synagy polo beitel bolmaly, bu bolsa iň bolmanda bir oňyn netijäniň EUA analizinden gelip çykjakdygyny aňladýar. Şeýlelik bilen, dört synag netijesinden şol bir netijäni berýän iki ýa-da has köp synag netijesi hakyky polo positiveitel ýa-da otrisatel hasaplanýar.
Maglumatlar strukturalaşdyrylan maglumatlary çykarmak görnüşleri bilen ýygnaldy, maglumatlary girizmek we derňew Excel statistiki programma üpjünçiligi we düşündiriş statistikasy üçin SPSS 23.0 wersiýasy arkaly geçirildi. Oňyn, otrisatel we umumy göterim şertnamasy seljerildi we her usulyň CRS bilen ylalaşyk derejesini kesgitlemek üçin Kappa bal ulanyldy. Kappa bahalary şeýle düşündirilýär: ýumşak şertnama üçin 0.01 - 0.20, umumy şertnama üçin 0,21 - 0.40, orta şertnama üçin 0.41-0.60, uly şertnama üçin 0.61-0.80 we doly şertnama üçin 0.81-0.9928.
Etiki taýdan arassalamak Addis Ababa uniwersitetinden alyndy we bu gözleg üçin ähli synag teswirnamalary Efiopiýanyň Jemgyýetçilik Saglyk Institutynyň Ylmy etika syn geňeşi tarapyndan tassyklandy. EPHI etika ygtyýarnamasy üçin salgy belgisi EPHI / IRB-279-2020. Methodshli usullar, COVID-19-ny bejermek üçin Efiopiýanyň milli toplumlaýyn görkezmeleriniň tekliplerine we düzgünlerine laýyklykda ulanyldy. Mundan başga-da, okuwa gatnaşmazdan ozal ähli gatnaşyjylardan ýazmaça habar berildi.
Bu gözlegde alnan ýa-da seljerilen ähli maglumatlar bu neşir edilen makalada ýerleşdirildi. Bu gözlegiň netijelerini goldaýan maglumatlar, degişli ýazyjydan göwnejaý isleg boýunça elýeterlidir.
Bütindünýä saglyk guramasy. COVID-19 üçin laboratoriýa synag strategiýalary üçin teklipler: Aralyk görkezme, 2020-nji ýylyň 21-nji marty No. WHO / 2019-nCoV / lab_testing / 2020.1 (BSGG, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 gyssagly kömek bölüminde akylly diagnoz: Hemme zat. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 gyssagly kömek bölüminde akylly diagnoz: Hemme zat.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. we Gurgulianis, KI gyssagly kömek bölüminde COVID-19-yň intellektual diagnozy: iş ýüzünde hemme zat.Muliou DS, Pantazopoulos I. we Gurgulyanis KI Gyssagly kömek bölümlerinde COVID-19-yň intellektual diagnozy: iş ýüzünde ahyrky integrasiýa. Bilermen Reverend Respire. lukmançylyk. 3, 263–272 (2022).
Mitçel, SL & St George, K. COVID19 ID-e häzir EUA analizine baha bermek. Mitçel, SL & St George, K. COVID19 ID-e häzir EUA analizine baha bermek.Mitçel, SL we Sankt-Jorj, K. COVID19 ID-e häzir EUA analizine baha bermek.Mitçel SL we Sankt-Jorj K. COVID19 ID-e häzir EUA analizine baha bermek. J. Kliniki. Wirus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
BSGG. Adam keselinde güman edilýän koronawirus keseliniň (COVID-19) laboratoriýa tapylmagy. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (2020-nji ýylyň 15-nji awgustyna girildi) (BSGG, 2020).
Udugama, B. we ş.m. COVID-19 diagnozy: Keseller we synag gurallary. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Saýed S. we başgalar. Gündogar, Merkezi we Günorta Afrikanyň patologlar kollejiniň döredilmegi - Eastakyn Gündogaryň we Günorta Afrikanyň sebit patologiýa mekdebi. Afrika. J. Lab. lukmançylyk. 9 (1), 1-8 (2020).
Efiopiýanyň Saglygy goraýyş instituty, Federal Saglyk ministrligi. COVID-19-yň laboratoriýa diagnozy üçin wagtlaýyn milli strategiýa we görkezme. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (2020-nji ýylyň 12-nji awgustyna girildi) (EPHI, 2020).
Woloşin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 ýokaşma kynçylyklary we netijeleri üçin ýalňyş negatiw synaglar. Woloşin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 ýokaşma kynçylyklary we netijeleri üçin ýalňyş negatiw synaglar.Woloşin S., Patel N. we Kesselheim AS SARS-CoV-2 ýokançlyklary we olaryň netijeleri üçin ýalňyş-negatiw synaglar.Woloşin S., Patel N. we Kesselheim AS Prowokasiýa we SARS-CoV-2 ýokançlygynyň täsiri üçin ýalňyş negatiw synaglar. N. eng. J. Medisina. 383 (6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI sealňyş polo positiveitel we ýalan-negatiw COVID-19 hadysalary: Dem alyş ýollarynyň öňüni alyş we dolandyryş strategiýalary, sanjym we geljekki perspektiwalar. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI sealňyş polo positiveitel we ýalan-negatiw COVID-19 hadysalary: Dem alyş ýollarynyň öňüni alyş we dolandyryş strategiýalary, sanjym we geljekki perspektiwalar. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные һәм ложноотрицательные случаи COVID-19: Риспираторная аилил микаика һәм идии лечения, чец ч и дальнейшие чыры. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI COVID-19-yň ýalňyş polo positiveitel we ýalan negatiw ýagdaýlary: dem alyş ýollarynyň öňüni almak we bejermek strategiýalary, sanjym we öňe barýan ýol.Muliu, DS we Gurgulianis, KI COVID-19-yň ýalan-pozitiw we ýalan-negatiw ýagdaýlary: dem alyşyň öňüni almak we bejermek, sanjym we öňe gidiş ýollar. Bilermen Reverend Respire. lukmançylyk. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 gyssagly kömek bölüminde diagnoz: Agajy görmek, ýöne tokaýy ýitirmek. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 gyssagly kömek bölüminde diagnoz: Agajy görmek, ýöne tokaýy ýitirmek.Mouliou, DS, Ioannis, P. we Konstantinos, G. COVID-19 Gyssagly kömek bölüminde diagnoz: Agaja serediň, tokaýy ýitiriň.Muliou DS, Ioannis P. we Konstantinos G. COVID-19 Gyssagly otaglarda diagnoz: Agaçlar üçin tokaý ýeterlik däl. Görün. lukmançylyk. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. we ş.m. Abbott RealTime SARS-CoV-2 analiziniň analitiki we kliniki ýerine ýetirişini barlamak we tassyklamak. J. Kliniki. Wirus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020)
Mollaei, HR, Afşar, AA, Kalantar-Neýestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Adaty RT-PCR tarapyndan wirus ýokaşmasyny anyklamak üçin COVID-19 dürli gen sebitinden bäş sany başlangyç toplumy deňeşdiriň. Mollaei, HR, Afşar, AA, Kalantar-Neýestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Adaty RT-PCR tarapyndan wirus ýokaşmasyny anyklamak üçin COVID-19 dürli gen sebitlerinden bäş sany başlangyç toplumy deňeşdirmek.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neýestanaki, D., Fazlalipour, M. we Aflatunýan, B. Adaty RT-PCR tarapyndan wirus ýokaşmasyny ýüze çykarmak üçin COVID-19 geniniň dürli sebitlerinden bäş sany deslapky deňeşdirme. Mollaei, HR, Afşar, AA, Kalantar-Neýestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 COVID-19 不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neýestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Adaty RT-PCR tarapyndan wirus ýokaşmasyny ýüze çykarmak üçin COVID-19-yň 5 dürli genetiki sebitini deňeşdirmek.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neýestanaki D, Fazlalipour M. we Aflatunýan B. Adaty RT-PCR tarapyndan wirus ýokaşmasyny ýüze çykarmak üçin COVID-19 genomynyň dürli sebitlerinden bäş sany deslapky deňeşdirme.Eýran. J. Mikrobiologiýa. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. we ş.m. SARS-CoV-2 gen yzygiderliligini kesgitlemek üçin milli daşarky hil bahalandyryş maksatnamasynyň deslapky netijeleri. J. Kliniki. Wirus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. we ş.m. Bäş RT-PCR toplumynyň agyr ýiti dem alyş sindromy Coronavirus 2-iň netijeliligine analitiki baha bermek J. J. Kliniki. barlaghana. anus. 35 (1), e23643 (2021).
Wang B. we başgalar. Hytaýda hakyky polimeraza zynjyrly reaksiýa (PCR) esasynda Hytaýda täjirçilik taýdan elýeterli SARS-CoV-2 RNA kesgitleýiş toplumyna baha bermek. kliniki. Himiki. barlaghana. lukmançylyk. 58 (9), e149 - e153 (2020).
van Casteren, PB we ş.m. Sevenedi täjirçilik RT-PCR COVID-19 anyklaýyş toplumyny deňeşdirmek. J. Kliniki. Wirus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yuu we ş.m. SARS-CoV-2 nuklein kislotalaryny ýüze çykarmak üçin iki PCR toplumynyň anyklaýyş öndürijiligini deňeşdirmek. J. Kliniki. barlaghana. anus. 34 (10), e23554 (2020).
Lefart, PR we ş.m diagnoz. mikrobiologiýa. Okanç. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekulasy. Abbott real wagt SARS-CoV-2 derňew bukjasyny goýmak. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (2020-nji ýylyň 10-njy awgustyna çenli) (2020).
Klein, S. we ş.m. SARS-CoV-2 RNA izolýasiýasy, RT-qPCR we RT-LAMP tarapyndan uly göwrümli ýüze çykarmak üçin magnit monjuklary ulanyp. Wirus 12 (8), 863 (2020).